Le décret du 14 avril 2005 prévoit la possibilité, pour le médecin libéral, de réaliser son évaluation avec le concours d’un organisme agréé (OA) et/ou d’un médecin habilité (MH).

L’agrément pour les OA est prononcé pour une durée de dix-huit mois. Les OA devront transmettre à la HAS et aux CNFMC un bilan d’activité et d’un état financier correspondant à la première année d’exercice. L’agrément pourra alors être prolongé pour une durée totale de cinq années. La HAS peut retirer l’agrément lorsque l’organisme cesse de satisfaire aux conditions prévues par le cahier des charges. Les OA proposent aux médecins des programmes d’évaluation/amélioration de leurs pratiques. Ils :
 décrivent les méthodes utilisées pour s’assurer de la valeur scientifique des données et informations sur la base desquelles ils élaborent les programmes qu’ils diffusent
 précisent les critères d’évaluation utilisés dans les programmes
 garantissent la confidentialité des données individuelles
 fournissent les résultats de leur évaluation à la CME.

Ce sont des organismes professionnels, majoritairement constitués de médecins. Les organismes agréés pourront faire appel à des médecins habilités.